为了适应外国人管理工作的需要，日本提出了修改外国人居留管理制度的新方案。新居留管理制度旨在将过去日本中央和地方的二元化管理体制转变为由法务大臣掌控在留管理所必需的信息的一元化体制，这样法务大臣就可以及时准确的掌握在留外国人的信息。新居留制度的变革的具体内容主要有：
（一）构建一元化管理体制，实现相关机构间信息共享
当前日本对外国人的管理已经形成了一套比较完善的信息共享机制，即事前入境审查，主要是通过指纹测定和面部摄像，及时有效的确定外国人的身份，甄别出恐怖分子，从而让合法身份的外国人顺利入境；事中的居留管理，主要是通过居留卡掌握在留外国人的居留情况，这样外国人在日的居留信息便能够及时有效的反馈给法务大臣；事后的处境审查，也主要是通过指纹测定来确认身份的合法性豐。为了便于掌握在日外国人的相关居留信息，日本在构建了外国人所属机构向法务大臣法务大臣提供信息的机制，这样法务大臣可以做到对外国人的信息双向掌握。一方面是由外国人自己提供，另一方面是通过接受外国人所属机构提供的有关外国人的信息，并以此同外国人向法务大臣申报的信息进行核对，尽可能做到准确地掌握外国人的居留信息。
（二）废除外国人登录证，发放居留卡
外国人的管理为中央政府负责入境及在留许可，各地方政府负责外国人登记。由于中央政府无权调查外国人登记信息，于是发生了非法滞留人员也能获得“外国人登录证”（据法务省推算约有2万人）等各种问题豑。为此，为了统一在留外国人的行政管理制度，日本废除了一直以来外国人持有的“外国人登录证明书”，代之以“IC居留卡”。
“IC居留卡”发放给在日本有合法身份的外国人，入境的时候入境管理局将对中、长期在留外国人发行带有电子IC回路的在留卡，“IC居留卡”将与居民基本系统联动，除有正面半身照片外，还有居民基本系统必要的全部信息（内容包括：姓名、国籍、出生年月、护照信息、居留资格、住所、工作单位、学校等详细的个人信息。）和防伪功能。对于永久定居者则沿用原来的外国人登记制度。取得“IC居留卡”的外国人（16岁以上）有随身携带“居留卡”的义务，当入境审查官、入境警备官、警察等要求其出示居留卡时，必须给予配合。当外国人持有的原有居留卡的有效期限过期、因发布取消居留资格获强制遣返令而丧失居留资格、加入日本国籍、死亡、接受了新的居留卡等的时候，原有居留卡失效。居留卡一旦失效，外国人或其代理人必须将该卡交还给法务大臣。另外，接受外国人的企事业单位及学校也负有向行政机构汇报该外国人具体行为和去向的义务，如有虚报将被施以处罚。这就充分发动了社会监督力量，更有利于对外国人进行监督豒。可见，日本政府通过对外国人“IC居留卡”的即时盘查和通过在日外国人的居留管理来实现了对外国人的“全方位跟踪”。
（三）完善法律，加强对合法外国人员保护，加大对违法人员的处罚力度
过去日本外国人收容所没有实现“阳光管理”，时常会出现侵犯人权的事情，为了入国者收容所的正常运营，新法中设置入国者收容所视察委员会，加强了对收容所的监督和管理，进一步减少侵犯人权事例的发生，保护了外国人的合法权益。另外，为了把握外国人的有关情况，在必要的时候法务大臣有权就提出的事项进行调查。而且外国人及其所属机构有义务配合法务大臣的调查。
（四）提供便利性行政服务，吸引国外先进人才
当前，日本大量外国人的涌入引发了“三非”与犯罪问题，过多的低技能外国人的涌入使少子老龄化日益严重的日本面临严峻的挑战。为此，日本通过为外国人提供便利的行政服务，吸引更多国外先进人才来日访问、留学、就业。其内容主要有：第一，延长了居留期限，修改再入境许可制度。新法中规定将居留期限由原来的3延长至5年，并且外国人1年以内再入境时不用再办理再入境许可手续；第二，将“就学”、“留学”签证统一为“留学”签证，进一步简化申请材料和缩短申请时间，有步骤地延长一次性签发留学类签证的时间，采取措施进一步扩大和促进留学生在日本就职的政策，为外国留学生提供安定的在留环境。
